粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，也导致植物病虫害的发生。
没有发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，生粪便开始发酵，若发酵部位距根较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
养殖场采用直接施用方式消纳粪便，在农作物施肥高峰时粪便还可以处理掉；施肥淡季，粪便无人问津，只好任凭堆积，风吹雨淋，肥效流失，污染环境。
利用不便、效率低：未经处理的粪便，不易运输、体积大、有效成分低、使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
所以，畜禽粪便不能直接使用，必须经过发酵处理，而微生物发酵处理则又是更好的方法。利用速腐剂处理鸡粪、猪粪等畜禽粪便，能够达到保护环境、防止病害传染、防止养分流失等作用。
禽畜粪便发酵常用设备：
槽式翻抛机
槽式翻抛机是一种农业用具有机肥翻抛设备，特点是效率高，运行平稳，坚固耐用。
槽式翻抛机由控制柜集中控制，可以实现手动或自动控制的功能，并配有软启动器，启动时冲击负荷低。拨齿液压升降系统，拨齿坚固耐用，对物料具有一定的打碎和混合功能。拥有限位行程开关，起到安全和限位作用。
槽式翻堆机采用了铣盘式翻堆机构，翻堆补充氧气，排出水分，改机与物料接触面积小，维护方便，工作过程可靠，适用寿命长。采用了大跨度桥式结构，有纵跨和横跨两大系列，设备才用轨道式运转方式，使生产过程有良好的可靠性，使能耗最小化。
有机肥槽式翻堆机与行走式翻堆机及发酵方式相比，具有产量高、耗能低，翻抛场地占地面积小，设备具有投资少，物料翻抛，快速减少水分，设备运行平稳，故障率极低成肥快等优点，所以是有机肥发酵的的设备。
槽式翻抛机适用于猪牛羊鸡等畜禽粪便、污泥垃圾、糖厂滤泥、糟渣饼粕和秸杆锯屑等有机废弃物的发酵翻堆，广泛应用于有机肥厂、复混肥厂、污泥垃圾厂、园艺场以及双孢菇种植厂等的发酵腐熟和去除水分作业
有机肥发酵罐
有机肥发酵罐可以用于处理猪粪、鸡粪、牛粪、羊粪、菌菇渣、中药渣、作物秸秆等有机废弃物，10个小时可完成无害化处理过程，占地少（发酵罐仅占地10-30平方米），无污染（密闭式发酵），杀灭病虫卵（可调整至80-100℃高温），是广大养殖企业、循环农业、生态农业实现废弃物资源化利用的选择。
履带式翻抛机
履带式翻抛机属大型翻堆机的一种，全液压操作系统，拉杆式方向盘操作，履带式行走，结实耐用，动力强劲，技术先进，产量大、翻抛能力强，翻抛滚筒液压升降调节，自动化程度高，操作简单易掌握。是有机物料耗氧发酵转化成有机肥的专业翻抛设备。
履带式翻抛机是把蓄禽粪便、农业废弃物、糖厂滤泥、污泥、生活垃圾等污染物，通过耗氧发酵的原理制成绿色环保、改善土质的生物有机肥。可达到一天升温、3-5天除臭、灭菌（能杀灭粪便中的虫卵病菌等）、七天成肥，比使用其它机械手段发酵方法速度快，效率高。根据客户要求也可增加一些辅助设施，如自动洒菌装置等。
